シーラカンス目の中で最初に発見・分類された化石種は、属名として Coelacanthus の名を与えられた。
これは 古典ギリシア語: koilos「からっぽの」 akantha
「（植物の）棘、魚の骨」 に由来する合成語で、尾びれの鰭条が中空の構造をもつことによる命名であったという。
通称名としては、同目に属するさまざまな魚を指して英語で coelacanth （シーラカンス）
と呼び、日本語でもこれに倣っている。
なかでも、後に発見され一躍有名になったラティメリア属（Latimeria）の現生種は、「シーラカンス」の名を担う看板的な存在となっている。
日本語の分類名としては Coelacanthiformes をシーラカンス目、
Coelacanthidae をシーラカンス科と呼ぶのに対し、属名 Coelacanthus は
いわゆるラテン語風にコエラカントゥス（属）と呼ぶことが多く、この点は注意が必要である。
肉鰭類 (Sarcopterygii) は、シーラカンス以外の現生種を含む最小の分類群であり、
シーラカンスとハイギョ、およびいくつかの化石目を含む。
総鰭類 (Crossopterygii) は肉鰭類に含まれるグループで、
シーラカンス目と、特に近縁ないくつかの化石目のみを含む。
（まれに、肉鰭類と同様に使われることもある）
これらは伝統的には、硬骨魚綱肉鰭亜綱総鰭下綱などとすることが多かった。
しかし硬骨魚や肉鰭類は単系統ではないので綱として採用せず、総鰭綱とすることもある。
肉鰭綱総鰭亜綱や硬骨魚綱総鰭亜綱などとする中間的な立場もある。
Actinistia は希に使われる分類群で、広義には総鰭類と同義とされ、
狭義にはシーラカンス目のみを含む単型とされる。
Coelacanthimorpha は、シーラカンス目のみを含む単型である。
シーラカンス綱、シーラカンス亜綱、シーラカンス下綱、シーラカンス上目は、
これらの語を恣意的に意訳したものであり、対応する分類群名や生物群は必ずしも一定しない。
管椎目はシーラカンス目の単なる直訳で、完全に同義語である。
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